לפי מצב העור, יחליט הרופא האם ניתן להסתפק במשחה אנטיביוטית מקומית (בדרך כלל, בקטרובן או גנטתרים), או שיש צורך בטיפול אנטיביוטי דרך הפה (בדרך כלל צפורל, הנקרא גם צפוויט).
הטיפול האנטיביוטי המקובל מתאים לחיידק הנפוץ ביותר בעור אטופי, שהוא כאמור לעיל נקרא סטפילוקוקוס-אורוס.
במקרה שבו מצב העור אינו משתפר, כדאי לשקול לקחת דגימה מהעור (כמו שעושים במשטח גרון) ולשלוח אותה לבדיקת מעבדה. כך ניתן להתאים את הטיפול האנטיביוטי לסוג החיידק.