הטיפול בפוטותרפיה נחשב יחסית לבטוח, אולם כמו כל טיפול רפואי, יש צורך בזהירות מתופעות הלוואי.
מאחר ופוטותרפיה חושפת את הגוף לקרינת אולטרה סגול שנחשבת בחשיפה מצטברת למסרטנת, היא עלולה במקרים נדירים להיות קשורה גם בהופעת סרטן העור, לרבות סרטן מסוג מלנומה ולכן כדאי למטופלים בפוטותרפיה להימנע מחשיפה לשמש בחיי היום יום, כדי להפחית את הסיכון לסרטן העור, ובכל חשיפה הכרחית להקפיד על שימוש במסנני קרינה.