לתגובה ראשונית זו מצטרפים בקטריות, פטריות וחיידקים שונים אשר 'מתיישבים' על העור ומקשים על החלמתו. אמנם, על פני עור בריא יכולים להימצא אותם חיידקים, אך השומן הטבעי של עור בריא הוא מגנון הגנה מפניהם. חיידקים הם lipophobic (נרתעים משומן), ולעור האטופי חסרים המרתיעים הטבעיים מפני הפולשים.
אחד החיידקים השכיחים ביותר הוא סטפילוקוקוס-אורוס (Staphylococcus aureus) שבונה מושבות על העור הפגוע. 90% מהסובלים מאטופיק דרמטיטיס נושאים על עורם את חידק הסטפילוקוקוס.
הסטפילוקוקוס גורם להחמרת הגירוד והפריחה הן באופן ישיר והן בעקיפין. באופן ישיר, החיידק גורם לדלקת וזיהום בעור. בעקיפין, העור מגביר את הפרשת החלבון IgE, שאמנם עוזר למערכת החיסון להילחם בסטפילוקוקוס, אך בו בזמן גורם לרגישות רבה יותר של העור.
כאשר העור 'פתוח', אדום ודלקתי, מפריש נוזל צהבהב (פלסמה) ומדיף ריח אופייני, יתכן שהרופא ימליץ לכם על טיפול אנטיביוטי.